Dossier : Antibiorésistances : quel rôle pour la faune sauvage et l’environnement ?

Le développement des antibiorésistances constitue un enjeu de santé publique national et international majeur. En France, le nombre de morts associées aux infections dues aux bactéries multirésistantes est estimé à 12 500 chaque année, tandis que les prévisions pour les décennies à venir sont alarmantes. Un rapport commandé par le gouvernement britannique et publié en mai 2016 estime que d’ici à 2050, le nombre des décès liés à la résistance aux antimicrobiens pourrait atteindre 10 millions par an dans le monde, ce qui dépasserait le nombre de décès actuellement provoqués par les cancers.

La connaissance des dynamiques des bactéries antibiorésistantes au sein des populations humaines et d’animaux domestiques s’est grandement améliorée ces dernières années, et les progrès en termes d’utilisation médicales et vétérinaires des antibiotiques ont été importants. Néanmoins, un compartiment reste actuellement méconnu et peu pris en compte, alors que son rôle semble crucial : les milieux naturels et la faune sauvage qui y vit.

Un mulot sylvestre capturé en Camargue. Les bactéries portées par les rongeurs sont suivies pour comparer la présence de résistances au sein de la faune sauvage dans des habitats plus ou moins impactés par l’Homme (© Simon Baudouin)

Que sait-on des bactéries antibiorésistantes présentes dans l’environnement ?

L’étude des bactéries antibiorésistantes présentes dans l’environnement a débuté à la Tour du Valat en 2009, dans le cadre du programme de recherche en écologie de la santé. Entre autres travaux, les équipes de la Tour du Valat ont notamment mené en 2015 une synthèse des connaissances existantes sur le compartiment faune sauvage. Ce travail  a permis de faire le point sur les informations actuellement disponibles :

  • On ne trouve que ce qu’on cherche, et à ce jour seules les bactéries les plus problématiques pour la santé humaine du fait de leurs résistances ont été recherchées chez les animaux sauvages. Ainsi le Staphylocoque doré, les entérocoques, les salmonelles et Escherichia coli figurent parmi les agents pathogènes les plus étudiés, alors que nous disposons de très peu d’éléments sur la présence d’autres bactéries antibiorésistantes au sein des habitats naturels ;
  • Parmi ces bactéries, des souches multirésistantes sont présentes chez de nombreuses espèces allant du hérisson aux tortues, en passant par les dauphins. De façon inquiétante ces résistances sont aussi retrouvées dans tous types de milieux, villes et élevages bien sûrs, mais aussi aux îles Galapagos et même en Antarctique ;
  • Il existe toutefois un gradient de prévalence et de diversité des souches multirésistantes, des habitats les plus anthropisés à ceux qui sont les moins touchés par les activités humaines. Autrement dit, plus un habitat est impacté par la présence de l’homme et de ses activités, plus la proportion de porteurs de bactéries antibiorésistantes parmi les animaux qui y vivent est grande, et plus la diversité des bactéries résistantes qu’ils hébergent est importante ;
  • Parmi les nombreuses espèces chez lesquelles la présence de bactéries antibiorésistantes a été mise en évidence, on retrouve un grand nombre d’espèces prédatrices qui semblent concentrer le risque de contamination, tout comme les espèces anthropophiles, telles que le renard roux ou certains goélands, vivant notamment dans les villes. De plus, les espèces aquatiques semblent globalement plus touchées que les espèces terrestres ;
  • Enfin, des souches bactériennes multirésistantes identiques peuvent être retrouvées simultanément chez les humains, les animaux domestiques et la faune sauvage, ce qui signifie que ces trois groupes peuvent partager les mêmes agents pathogènes résistants. Il reste cependant difficile de connaître avec précision les voies et le sens des échanges entre ces compartiments.

 

Pourquoi étudier ces bactéries au sein de la faune sauvage ?

Puisque la faune sauvage n’est traitée que très rarement aux antibiotiques (comme c’est le cas dans les centres de soins par exemple), cette résistance n’est problématique pour la santé des animaux que dans les rares cas où elle est associée à une virulence accrue. Pourtant, la connaissance de la dynamique des antibiorésistances au sein de la faune sauvage est importante pour d’autres raisons :

  • Il peut s’agir d’un bon indicateur de la contamination par les résidus d’antibiotiques et les bactéries résistantes elles-mêmes des milieux au sein desquels les animaux vivent et se nourrissent ;
  • La présence de bactéries antibiorésistantes dans ce compartiment est inquiétante car elle montre qu’il ne suffit pas de réduire la présence de ces agents pathogènes dans les élevages et les populations humaines pour régler le problème des antibiorésistances. En effet, l’environnement et la faune sauvage pourraient constituer des réservoirs chez lesquels les bactéries multirésistantes se maintiennent à long-terme ;
  • De plus, les individus porteurs de ces bactéries pourraient participer à leur transport entre les zones et entre les compartiments.

 

Quelles sont les études en cours en Camargue ?

La Camargue, qui abrite une grande biodiversité, se situe au carrefour de plusieurs voies migratoires importantes pour les oiseaux, entre l’Afrique et l’Europe de l’Ouest et du Nord. En parallèle, elle est au croisement de nombreuses voies commerciales humaines via la Méditerranée et  particulièrement vulnérable aux changements globaux. Tous ces éléments en font un point chaud  (« hotspot ») pour l’émergence des agents pathogènes, dont celle des bactéries antibiorésistantes.

Poussins de goélands leucophées sur lesquels une étude des bactéries antibiorésistantes est en cours dans le delta du Rhône dans le cadre du SEEG (Sites d'étude en écologie globale) ECOSAN-Camargue (© M. Janczyszyn-le Goff / Tour du Valat)

C’est pourquoi nous étudions actuellement ces dernières chez deux groupes en Camargue, les goélands et les rongeurs. Ces recherches ont d’ores-et-déjà permis d’aboutir aux résultats suivants :

  • Notre étude sur les goélands a montré la présence de bactéries multirésistantes chez les poussins de goélands leucophées, espèce opportuniste se nourrissant notamment de déchets et vivant volontiers en milieu urbain. Les bactéries isolées comprennent des souches très proches de celles présentes chez les populations humaines de la région et résistantes à différents antibiotiques, dont certains ne sont utilisés en médecine humaine que dans les hôpitaux ;
  • De façon intéressante, les bactéries portées par les goélands railleurs, autre espèce se nourrissant en mer et ne vivant pas en milieu urbain, présentaient des résistances préoccupantes mais pas celles spécifiques aux antibiotiques dont l’usage est limité à la médecine hospitalière ;
  • Pour mieux comprendre les voies d’échanges entre faune sauvage et humains, et les zones qui les favorisent, nous avons étendu notre étude aux rongeurs dont le domaine vital est géographiquement beaucoup plus restreint que celui des goélands. Nous effectuons des prélèvements dans différents types de milieux des plus préservés aux plus impactés par l’homme, des réserves naturelles aux stations d’épuration, dont les analyses sont en cours.

 

Les perspectives de recherche en termes d'antibiorésistances

En 2016 le Ministère de l’Écologie a été pour la première fois associé à la journée nationale de l’antibiorésistance organisée par les ministères de l’agriculture et de la santé. Ainsi, l’environnement et la faune sauvage commencent à être pris en compte dans les réflexions et les actions visant à contrôler l’émergence des antibiorésistances. Cette prise en compte paraît nécessaire à la compréhension de la dynamique globale des bactéries résistantes, et par suite à la mise en place de mesures efficaces de prévention et de lutte. Ces mesures passent par une utilisation raisonnée des antibiotiques en médecine humaine et vétérinaire, que promeuvent déjà les plans nationaux en cours, mais aussi par de nouvelles approches qui pourront permettre de limiter la contamination des milieux, notamment par les eaux usées et les effluents d’élevages.

 

Références bibliographiques :

Vittecoq M., Laurens C., Brazier L., Durand P., Elguero E., Arnal A., Thomas F., Aberkane S., Renaud N., Prugnolle F., Solassol J., Jean-Pierre H., Godreuil S.,  Renaud F. 2017. VIM-1 carbapenemase-producing Escherichia coli in gulls from southern France. Ecology and Evolution. doi: 10.1002/ece3.2707

Vittecoq M., Andremont A., Armand-Lefèvre L., Bollache L., Gandon S., Hartmann A., Perino L., Renaud F., Roche B. Quand la résistance s’organise face aux antibiotiques. In Écologie de la santé : pour une nouvelle lecture de nos maux.  Blanc S., Boëtsch G., Hossaert-McKey M., Renaud F. Éditions le Cherche Midi Paris, 192 p. ISBN 978-2-7491-4075-9

 

Contact : Marion Vittecoq, chargée de recherche en écologie de la santé à la Tour du Valat (e-mail)