Depuis août 2006, quelques 2 500 ha de milieux aquatiques dans un rayon de 8,5 km autour de Salin-de-Giraud et Port-Saint-Louis-du-Rhône sont régulièrement prospectés par les techniciens de l’EID et traités au Bti dès que des larves de Ochlerotatus caspius et O.detritus, deux espèces de moustiques responsables des pics de nuisance, s’y développent. L’objectif est de réduire de 90% l’abondance de ces moustiques qui ont la particularité de pondre leurs œufs sur sols secs ou humides, ce qui entraîne des émergences massives lorsque survient une mise en eau propice à leur développement. Les superficies traitées et le nombre de traitements dépendent de la fréquence des mises en eau causées par les précipitations, les coups de mer et les interventions humaines pour irriguer les terres ou inonder les marais.
Bon an mal an, entre 30 et 50 traitements aériens sont réalisés sur le secteur de Salin-de-Giraud et Port-Saint-Louis-du-Rhône, avec des superficies cumulées dépassant parfois les 5 000 ha, en sus des traitements réalisés à partir du sol. Le coût de cette démoustication au Bti sur le périmètre de Salin de Giraud / Port Saint-Louis-du-Rhône s’élève à plus de 800 000 euros par an. Les impacts directs du Bti sur la faune non-cible concernent principalement les chironomes dont l’écologie est proche de celle des moustiques. Ces diptères non-piqueurs représentent un maillon essentiel du réseau trophique (chaîne alimentaire). Pendant leur stade larvaire aquatique, ils servent de ressource alimentaire à de nombreux organismes prédateurs (larves de libellules, amphibiens, poissons, canards, limicoles, flamants). Au stade adulte qui est aérien, ils sont également consommés par de nombreux organismes terrestres comme les araignées, les libellules, les passereaux et les chauves-souris, ces deux derniers groupes exploitant particulièrement pour leur alimentation des essaims formés par les mâles.
Les suivis sur la faune non-cible coordonnés par le PNRC concernent les oiseaux (hirondelles et passereaux paludicoles), les chironomes, les odonates (libellules), les invertébrés des roselières et les pipistrelles (chauve-souris). Ils sont réalisés pendant une période test de 5 ans (2007-2011) avant que ne soit prise une décision sur le devenir de la démoustication en Camargue. Les effets du Bti sur la faune non-cible sont susceptibles d’être principalement indirects, en agissant au travers du réseau trophique. Comment la réduction des nématocères (moustiques et chironomes) affecte-t-elle la reproduction des animaux qui en dépendent? Le suivi sur les hirondelles de fenêtres en Camargue réalisé par la Tour du Valat offre la toute première démonstration de l’impact du Bti sur des populations d’oiseaux. Sur les sites traités au Bti, les hirondelles consomment moins de nématocères, de libellules et d’araignées et davantage de fourmis volantes ce qui se traduit par une réduction d’un tiers dans le nombre de poussins produits chaque année.